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João, não existe em nenhum arquivo keyboard.xml, algo que possa fazer com que ele desapareça. Lembro que existem duas pastas nomeadas como Userdata, sendo que uma delas sim, é apagada pelo instalador do Kodi. Vale rever isso com atenção, isto é, onde o seu arquivo está sendo colado.
Usando o Windows, o caminho onde deve estar o arquivo é esse:
C:\Usuários\Seu_usuário\AppData\Roaming\Kodi\userdata\keymaps